Kongshavn naturminne er vernet grunnet sine geologiske verdier. Formålet med fredningen er å verne en viktig lokalitet for forståelse av Oslofeltets fossilførende bergarter. Lokaliteten viser en viktig profil gjennom øverste del av mellomordovicium og underste del av overordovicium. De samme stratigrafiske lagene er representert noe lenger nord ved Lagmannsholmen. De to lokalitetene viser en noe forskjellig utvikling av miljøet og tilhørende fossiler selvom den geografiske avstanden mellom dem er relativt liten. Lokaliteten har høy forskningsverdi. Kilde: Utkast til verneplan for fossilforekomster i Oslofeltet. Fylkesmannen Oslo og Akershus 1985.